Để chuẩn bị cho việc làm luận văn, các học viên sẽ học môn Các Phương pháp Nghiên cứu Chính sách công. Đây là môn học điểm lại các phương pháp, mô hình, công cụ sử dụng trong phân tích chính sách công, và qui trình thiết kế và thực hiện một dự án nghiên cứu độc lập.
Trong quá trình học môn Các Phương pháp Nghiên cứu Chính sách công, học viên cần lựa chọn lĩnh vực chính sách cũng như đề tài luận văn phù hợp với quan tâm chuyên môn của mình. Khi chọn lĩnh vực chính sách, học viên phải đạt điểm yêu cầu trong các môn học thuộc lĩnh vực chính sách đó và phải quen thuộc với những vấn đề then chốt và các tranh luận liên quan.
Sau khi đã chọn lĩnh vực, học viên sẽ đăng ký chủ đề luận văn có liên quan trực tiếp đến lĩnh vực chính sách này, và bắt đầu phác thảo đề cương luận văn, bao gồm xác định câu hỏi chính sách công, phương pháp luận, nguồn thông tin và tiến độ dự kiến.
Khi định hình vấn đề chính sách công, học viên năm thứ hai MPP phải tham vấn với giảng viên các môn học chuyên về những kiến thức kỹ thuật và chuyên ngành liên quan đến chủ đề luận văn. Hướng dẫn và phản hồi của giảng viên chủ yếu sẽ tập trung vào những vấn đề quan trọng nhất về mặt phân tích. Do đó, học viên được khuyến khích liên hệ với các nhà làm chính sách và cán bộ quản lý có khả năng cung cấp lời khuyên thực tế về những vấn đề cụ thể mà họ cần giúp phân tích.
Đầu học kỳ thu, tất cả học viên MPP năm hai phải nộp đề cương luận văn và phải được Chương trình MPP chấp thuận. Mỗi học viên sẽ có một giáo viên hướng dẫn trong quá trình làm luận văn.
Học kỳ thu và học kỳ xuân là thời gian để các học viên viết luận văn. Học viên phải thường xuyên báo cáo về tiến độ làm luận văn và nhận ý kiến phản hồi từ giáo viên hướng dẫn. Học viên phải nộp bản thảo luận văn cho giảng viên hướng dẫn trước khi nộp báo cáo cuối cùng. Bản báo cáo luận văn cuối cùng phải được nộp trước hoặc vào ngày 03/4/2017. Các hội đồng luận văn sẽ được thành lập vào tháng 5 năm 2017 để học viên bảo vệ luận văn của mình.
Bài luận văn của học viên sẽ được chấm bởi hội đồng luận văn thành lập sau khi báo cáo cuối cùng được nộp chính thức. Học viên phải có điểm đạt hoặc cao hơn (từ 5,5 điểm trở lên) đối với bài luận văn để được xem là hoàn thành chương trình MPP.
